С началом Великой Отечественной войны через Орёл прошли составы с эвакуированными заводами и предприятиями страны. С началом оккупации города 3 октября 1941 года станция перешла под контроль гитлеровских войск. Станция являлась стратегическим объектом для немецких войск. Через нее осуществлялась поставка оружия, боеприпасов, топлива для наступающей 2-танковой армии Гудериана на Москву, а затем и солдат вермахта расквартированных в Орле. По распространенной версии перед отступлением большей части немецких войск из Орла в августе 1943 года они сожгли и взорвали здание вокзала. Однако, на самом деле орловский вокзал 1868 года постройки уничтожила советская дальняя авиация. Используя тяжелые бомбардировщики Пе-8 и 5-тонные бомбы ФАБ-5000, 890-й и 746-й авиационные полки в ночь на 4 июня и 19 июля 1943 года полностью вывели из строя орловский железнодорожный узел, разрушив склады с боеприпасами и техникой противника и превратив здание вокзала в руины.[5][6] Когда 4 августа Советские войска 5-ой Михалицина Т.П. и 380-ой Плотникова П.М. стрелковых дивизий, освободили орловский железнодорожный узел, вместо красивого орловского вокзала они увидели почти полностью разрушенное чёрное закопчённое здание с немецкой надписью Orel на одной внешней сохранившейся стене. Благодаря тому, что Орёл вошёл в число 15 крупнейших и старейших русских городов, наиболее пострадавших во время войны, первоочередное восстановление которых было определено постановлением СНК СССР от 1 ноября 1945 г. восстановление вокзала стало первоочередной задачей послевоенного времени.